性別認同障礙（gender identity disorder）是一個由心理學家和醫生所定義的精神醫學用語，是指一個人在心理上無法認同自己與生俱來的性別，相信自己應該屬於另一種性別。這是一種精神醫學上的分類定義，通常是用來解釋與變性、跨性別或異性裝扮癖相關的情況。而在性別認同障礙也是最常應用在變性人的醫學診斷上。

性別認同障礙最主要的症狀是「性別躁鬱」（gender dysphoria），是指對於自己本身的性別感到非常不舒服的情況。

在許多案例中性別認同障礙通常是在小時候就會出現，但也有在青春期或成人時才出現的可能，並且隨著年紀增長而越來越強烈[1]。由於許多文化並無法接受跨性別的行為，這種感覺往往為當事人以其家人、朋友帶來許多問題。在許多案例的報告中，也有人的不適感是覺得自己的身體「出了差錯」，或從一開始就不應該是如此。

根據最新版本的《精神疾病診斷與統計手冊》，要被診斷判定為「性別認同障礙」必須達到五項條件：

必須要有證據顯示有強烈且持續的跨性別認同感。
跨性別認同感不可以是因為認為另一種性別在文化上有更多優勢而產生的。
同時也必須要有證據顯示對於天生的性別有持續性的不適應感，或是無法適應自己所屬性別的性別角色。
當事人不可同時擁有身體上的跨性別狀態（例如睾脂酮不敏症候族或先天性腎上腺增生症）。
必須要有臨床上的證據能顯示當事人在社交、工作或其他重要領域上遭遇顯著的挫折或傷害。